Правовая система Коморских Островов носит смешанный характер. Основные кодексы (включая Гражданский и Уголовный) основаны на французских образцах, в то время как вопросы личного статуса (правоспособность, брак, развод, наследование) регулируются мусульманским правом.

Трудовой кодекс не запрещает объединяться в профсоюзы, заключать коллективные соглашения и проводить забастовки. Смертной казнью по Уголовному кодексу наказывается ряд преступлений, включая измену, шпионаж, умышленное убийство и убийство родителей. С момента получения независимости в 1975 г. первый смертный приговор приведен в исполнение в 1996 г.

В соответствии с заимствованной у Франции конституционной доктриной Президент Республики является гарантом независимости правосудия. В этом ему помогает Высший совет магистратуры (Conseil Superieur de la Magistrature). Президент Республики является по должности председателем Высшего совета магистратуры, а министр юстиции вице-председателем.

На вершине судебной системы находится Высокий совет Республики (Haut Conseil de la Republique); он заседает в качестве органа конституционного контроля, финансового контроля и в качестве Высокого суда правосудия (Haute Cour de Justice), рассматривая в последнем случае обвинения в адрес главы государства. Он наблюдает за законностью президентских и парламентских выборов, референдумов и объявляет их результаты.

Высокий совет Республики состоит из 4 членов, назначенных Президентом Республики; 3 членов, избранных Федеральной ассамблеей; членов, избранных по одному советами каждого из островов. Срок полномочий членов Совета - 7 лет. К нижестоящим судам общей юрисдикции относятся апелляционный суд, Суд ассизов, суды первой инстанции и мировые судьи. Мелкие гражданские и уголовные дела рассматривают старосты деревень.

Решения на основе мусульманского права выносят суды кади. В судебную систему также входит особый контрольный орган, именуемый Совет Улемов (Conseil Ulemas). Он дает заключение на проекты законов, ордонансов и декретов с точки зрения их соответствия принципам ислама, консультирует высших должностных лиц государства по проблемам религиозного характера.